新型微波灭菌设备的原理是用磁控管将电能转换成微波。在加热过程中，在微波电场的作用下，物质分子将以每秒24.5亿次的频率振荡。分子在高频磁场中振动并相互碰撞，产生热能，导致物质被加热。新型微波灭菌设备的优点是微波是电磁波。这种电磁波的能量比普通无线电波大得多，其波长可达120毫米，能穿透深度达120毫米的物质。加热是整体加热(即内外同时加热)，传统加热方式的热量不是从材料表层传导的。因此，加热速度快，效率高，安全环保。

新型微波灭菌设备从引进微波烘干技术以后便开始了漫长的研究发展之路，运用逐渐的，尤其是对一些药材、 杂粮、海鲜、食品的方面都有着很大的利用价值，并且微波烘干设备还可以对这些产品进行杀菌。这种杀菌在所有的产品中都有明显的效果，比如药材的杀菌，传统 方法为用高温蒸汽灭菌，需要加温到120℃，保持20分钟以上才可以将细菌杀死。新型微波灭菌设备干扰生物电（如心电、脑电、肌电、神经传导电位、细胞活动膜电位等）的节律，会导致心脏活动、脑神经活动及内分泌活动等一系列障碍．

新型微波灭菌设备是利用极性分子振动产生与周围分子的弹性碰撞、摩擦生热，其升温方式从产品材料内部产生，利用这种方法回温解冻食品具有生产成本低、效率高、产品无细菌滋长和占地面积小的优点，是其他工艺方法所无法比拟的。新型微波灭菌设备调温设备在国外食品企业的应用已十分普遍，在我国发展较快的食品企业也正在逐步使用，随着我国经济的高速发展、人民生活水平的日益提高，食品质量要求作为食品安全性的保障成为人民普遍关注的焦点。

新型微波灭菌设备特点：1）、微波膨化效果明显。微波通过快速加热，使物料内部水分子快速汽化，达到膨化的目的。2）、设备使用操作方便。微波功率和传送带速度均可无级调节，不存在热惯性，可即开即停，简单易控。3）、微波设备无余热辐射、无粉尘、无噪音、没有污染，易于实现食品卫生的检测标准。4）、低温杀菌、营养成分损失少。新型微波灭菌设备是在微波的热效应和非热效应的双重作用下进行的，相比常规的温度杀菌能在较低的温度和很短的时间内获得满意的杀菌作用。微波杀菌能杀菌及大限度的保持其营养成分。